南通市通州药品监督管理局于2001年10月19日正式挂牌成立，履行对全市药品、医疗器械生产、研究、经营、使用全过程的行政监督和技术监督职能。2005年6月26日，在原南通市通州药品监督管理局的基础上，组建南通市通州食品药品监督管理局，增加了对食品安全的综合监督、组织协调和依法组织开展对重大事故查处的职能。
      2010年3月18日，根据《中共南通市通州区委、南通市通州区人民政府关于区政府机构改革的实施意见》（通发［2010］15号），南通市通州食品药品监督管理局由省以下垂直管理改为区政府工作部门，并更名为南通市通州区食品药品监督管理局。按照区政府印发的《关于南通市通州区食品药品监督管理局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（通政办发［2010］154号），区卫生局保健食品、化妆品卫生监督管理的职责划入区食品药品监督管理局，区食品药品监督管理局综合监督、组织协调食品安全，依法组织查处食品安全重大事故的职责划给区卫生局。
      根据上述职责，内设办公室、政策法规科、药品医疗器械监管科、稽查科、保健食品化妆品监管科。
      现在编人员31人（机关24人，事业7人），医药食品专业人员26名，占83．9％；本科以上学历人员27人。建局十余年来，通州区食品药品监督管理局围绕服务通州经济建设和社会发展大局，认真履行法定职能，强化自身建设，为保障人民群众用药安全发挥了积极作用：连续四轮建成江苏省和南通市文明行业；先后荣获全省食品药品监督管理系统“团结、开拓、廉洁、高效”好班子、全省食品安全“三网”建设先进单位；南通市第三批创建文明行业示范点；南通市首批廉政文化示范点；南通食品药品监督管理系统食品药品监督管理先进集体、创建文明行业先进单位；通州市文明单位，纪检监察工作、食品药品安全、药品打假工作先进集体，和谐法治创建工作示范单位、依法行政先进单位等。